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鸟类的逆转座子CR1及其作为遗传标记的研究进展
Progress on Avian CR1 Retroposons and their Applications as Genetic Markers
刘兆枫1,何莉炜2,苑红刚1,岳碧松1,李静1*?
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DOI:
作者单位: (1.四川大学生命科学学院,四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室,成都610064;2.河北科技师范学院, 河北秦皇岛 066004)
中文关键字:逆转座子;CR1;遗传标记
英文关键字:retroposons; CR1 (Chicken repeat 1); genetic markers
中文摘要:CR1(Chicken repeat 1)是广泛分布于鸟类基因组中的一种非长末端重复逆转座子(non-LTR),属于长散布元件(LINEs),同时也是原鸡基因组中数量最丰富的重复序列,占基因组的9.4%CR1不仅是基因组的重要组成部分,也是导致鸟类进化和基因组多样性产生的重要原因。作为遗传标记,CR1具有非平行演化、垂直传代、多态性插入位点祖先状态确定等优点,从而逐渐成为研究鸟类系统进化和种群遗传学的有力工具。本文主要对近年来国外在鸟类CR1的结构、特征及其作为遗传标记应用于鸟类系统进化的研究进行综述,旨在为这一新的遗传标记的广泛应用奠定基础。
英文摘要:The most abundant repeat elements known in the chicken genome to date are non-LTR retroposons of the chicken repeat 1 (CR1) family which belongs to long interspersed elements (LINEs) and comprises 6.4% of the total chicken genome. CR1 are also enriched in other avian genomes. There are several advantages in using CR1 retroposons as genetic markers. For example, they are essentially free of homoplasy; moreover, the ancestral state of any given locus can be determined unambiguously as the absence of the retroposon insertion. Recently, CR1 retroposons have been recognized as powerful tools in avian phylogenetics and population genetic studies. The present review focuses on recently published works about the structures and characteristics of CR1 and their applications as genetic markers in avian phylogenetic studies.
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