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家蚕生物钟蛋白TIME-EA4的进化踪迹分析
The Evolutionary Trace Analysis of Biological Clock Protein TIME-EA4 in the Silkworm Bombyx mori
王文栋1,徐世清2*
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DOI:
作者单位:(1. 河北北方学院医学检验学院,河北张家口 075000;2. 苏州大学医学部,江苏苏州 215123)
中文关键字:家蚕;生物钟;生物信息学;分子进化;进化踪迹
英文关键字:Bombyx mori; biological clock; bioinformatics; molecular evolution; evolutionary trace
中文摘要:家蚕是卵滞育性鳞翅目模式昆虫,其滞育卵的活化与生物钟蛋白TIME-EA4密切相关。TIME-EA4具备稳定的Cu/Zn SOD活性和瞬时的ATP酶活性。目前,国内外关于家蚕TIME-EA4的研究主要集中在结构和功能上,其分子进化机制研究尚未开展。本文利用生物信息学方法对TIME-EA4进行了进化踪迹分析,结果显示TIME-EA4的重要氨基酸残基(coverage < 25%)91.2%都用来维持与Cu/Zn SOD的序列一致性,但TIME-EA4Cu/Zn SODCu/Zn离子结合位点在氨基酸残基组成、极性、绑定原子方面都存在差异。
英文摘要:Bombyx mori is the model insect of Lepioloptera with diapause during the egg stage, and the activation of diapause eggs is closely related to the biological clock protein TIME-EA4. TIME-EA4 has stable Cu/Zn SOD activity and one-time transitory ATPase activity. Numerous studies have focused on the structural and functional characteristics of TIME-EA4. The molecular evolution of this protein has received little attention. In this study, bioinformatics methods were used to analyze the evolutionary trace of TIME-EA4. The results showed that 91.2% of the important amino acid residues in TIME-EA4 were consistent with Cu/Zn SOD. However, there were some differences such as composition, amino acid residue polarity and bonded atoms in Cu/Zn ion binding sites were observed between these proteins.
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